醫院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫技科室。

阜外醫院始建于1956年，2009年中央編辦批復成立國家心血管病中心，正式形成“中心—醫院”一體化格局。本部阜成門院區總用地規模5.53萬平方米，總建筑面積15.7萬平方米；門頭溝西山院區總用地規模7.33萬平方米，其中西山一期建筑面積3.7萬平方米；西山二期項目建設正在加速推進，建筑面積5.62萬平方米。

阜外醫院現有在職員工3833人，截至目前累計培養了院士6人，、省部級有突出貢獻專家28人，享受政府津貼83人，中高級職稱專業技術人員1709人。同時，阜外醫院配備有血管造影機、雙源CT、核磁共振、PET-CT、回旋加速器、心血管多模態數字化手術室等與世界接軌的醫療科研設備。

大步向前的科研成績

建院68年來，阜外醫院共斬獲科研成果361項，其中國家科學進步獎（含全國科技大會獎）46項，部委級成果獎187項，獲國家專利713項，發表學術論文14192篇,出版專著341部。自1998年至2023年SCI收錄論文5403篇，全院發表在影響因子大于5的期刊（The Lancet《柳葉刀》、The New England Journal of Medicine《新英格蘭醫學雜志》、Circulation《循環》雜志等）論文2075篇。牽頭和參與了國家“七五”以來的心血管領域攻關項目126項和“973”、“863”、“十一五”、“十二五”、“十三五”、“十四五”等重大項目，獲得科研立項1805項。阜外醫院心血管病學、心血管外科學連續十年名列年度學科榜單首位。心血管病學、心血管外科學名列五年總科技量值(ASTEM)榜單首位。