醫院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫技科室。

世界上規模的心血管疾病診治中心

伴隨2006年阜外醫院內科介入診療總量首次破萬、2011年外科手術總量首次破萬，阜外醫院成為世界范圍內內、外科手術量均突破萬例的特大心血管疾病診療中心。

2023年全年門診942966人次，急診46470人次，急診危重癥搶救19529人次；出院85842人次，床位周轉65.44次，床位使用率98.87%，平均住院日5.47天，死亡率0.15%。住院外科手術18874人次，內科介入手術56223例、射頻消融9559例、起搏器植入術2063例。在醫療服務數量持續增長的同時，患者平均住院日、手術死亡率、出院患者死亡率等多項醫療質量評價指標優異。阜外醫院在國家三級公立醫院績效考核（其他專科手術組）中連續五年排名，繼續保持專科醫院等級A等，CMI值（代表收治病例疑難復雜度的病例組合指數）連續五年排名。

豐厚的科研基礎條件與科研平臺

阜外醫院擁有心血管疾病國家重點實驗室、國家心血管疾病臨床醫學研究中心2個研究平臺，國家衛生健康委心血管臨床研究重點實驗室、國家衛生健康委心血管疾病再生醫學重點實驗室、心血管植入材料臨床前研究評價北京市重點實驗室、心血管疾病分子診斷北京市重點實驗室4個省部級研究平臺，以及中國醫學科學院冠心病風險預測與研究重點實驗室、中國醫學科學院肺血管醫學重點實驗室、中國醫學科學院心血管流行病學重點實驗室等7個醫科院級研究平臺。

國家區域醫療中心同質化建設

自2013年起，在國家衛生健康委及其他各部委、各司局及地方政府的大力支持下，阜外醫院充分發揮作用，陸續輸出建設云南省阜外心血管病醫院（以下簡稱“云南阜外”）、阜外華中心血管病醫院（以下簡稱“華中阜外”）和中國醫學科學院阜外醫院深圳醫院（以下簡稱“深圳阜外”）三家區域醫療中心。以同質化發展為目標，利用“傳幫帶”模式推進醫療、教學、科研、預防、管理等各方面能力和水平的提升。