醫院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫技科室。

阜外醫院現有在職員工3833人，截至目前累計培養了院士6人，、省部級有突出貢獻專家28人，享受政府津貼83人，中高級職稱專業技術人員1709人。同時，阜外醫院配備有血管造影機、雙源CT、核磁共振、PET-CT、回旋加速器、心血管多模態數字化手術室等與世界接軌的醫療科研設備。

開拓進取引領心血管診療技術發展

建院初期，阜外醫院開展了胸廓成形術、肺切除術、食管癌切除術以及低溫直視與體外循環心臟直視手術，填補了我國技術空白。二十世紀七八十年代，開展了我國例室壁瘤切除術、冠狀動脈搭橋術和人工生物瓣置換術等新技術，奠定了“阜外”在胸心血管外科領域的地位。改革開放以來，醫院陸續開展國內例急性心肌梗死冠狀動脈內溶栓、Bentall術、大動脈調轉術、急性心肌梗死及并發心源性休克的直接PCI、冠狀動脈支架置入術（裸支架）、不停跳非體外搭橋術、雜交冠狀動脈血運重建術，國際例大動脈雙根部調轉術、雜交技術新生兒室間隔完整型肺動脈瓣閉鎖等諸多新技術。

為加快疑難重癥心血管疾病救治難題破解，阜外醫院始終堅持探索新技術，示范引領國內外臨床診療新實踐。2023年共開展26項新技術、新項目。包括單純超聲引導下完全可降解封堵器介入房間隔缺損、左心耳脈沖消融封堵系統用于非瓣膜性房顫患者的、CorVard 4.0介入式心室輔助系統高危PCI技術臨床應用等國內首創、國際的醫療攻關技術。此外，結合臨床診療能力提升規劃，醫院著力于構建心血管急癥患者多學科一體化急救體系、心血管病人群呼吸睡眠平臺管理體系、新生兒及兒童先心病圍術期肺功能量化評價及救治體系，升級圍手術期麻醉、心臟外科手術及術后恢復各環節診療水平與技術設備，為相關疾病患者構建有效的臨床路徑，提高診療水平和效率，促進患者術后康復。

引領中國防治事業走向世界

1969年吳英愷帶領專業人員深入首鋼，率先開展高血壓等常見心血管病流行病學研究，創造了心血管病社區防治新模式，對我國民眾心血管病的預防發揮了巨大作用，形成了的“首鋼模式”，1994年WHO通過衛星向全球推廣這一模式的經驗。1981年開展了中美20年流行病合作及國內多中心長期隊列研究，在全國范圍內建立起以阜外醫院為核心的16個心血管病防治研究基地和專業的研究隊伍，掌握了心血管病和危險因素流行趨勢。阜外醫院先后于1959年、1979-1980年、1991年、2002年和2015年、2020-2022年六次領導組織全國性高血壓病抽樣調查。