北京兒童醫院精神科主要服務內容為心理健康相關的問題和疾病的預防、診斷、治 療和康復，包括：注意缺陷多動障礙(多動癥)、抽動障礙(抽動癥)、孤獨癥譜系障礙、抑郁癥、雙相情感障礙、精神分裂癥、情緒障礙、品行障礙等;各種兒童青少年心理問題的咨詢，包括學習困難、人際溝通、網絡成癮、科學育兒、健全人格培養、壓力管理等。

北京兒童醫院精神科目前已開設如下專業細分門診：注意缺陷多動門診、孤獨多動抽動門診、學習困難門診、心理咨詢門診、青春期心理咨詢門診、精神病專病門診、精神殘疾評估門診、腦功能及行為發育門診、腦認知功能評估門診、心身會診聯絡門診等。

北京兒童醫院以病人為中心，全心全意為兒童服務，大力弘揚“公慈勤和”院訓精神，涌現出全國道德模范、全國共產黨員賈立群同志等杰出代表。醫院堅持公益，始終“關注兒童、關注健康”，成立“北京兒童健康基金會”，扶助困難家庭患兒就醫;組織醫療骨干參加援疆援藏任務、“人才京郊行”、大型義診活動，為偏遠地區和基層單位的兒童送醫、送藥、送健康;開展免費救治西藏先心病、唇腭裂患兒活動，舉辦血友病、糖尿病、白血病兒童夏令營，讓患兒感受到社會的溫暖。

2019年1月由中國醫師協會和醫師報主辦的推動行業前行的力量——第四屆《醫師報》醫學家峰會推選國家兒童醫學中心首都醫科大學附屬北京兒童醫院精神心理科榮獲2018年中國健康公益星十大公益醫院/科室獎。