主要的方法與服務模式為：、心理、行為、康復訓練、健全人格培養為核心的綜合模式和預防-早期診斷--康復為一體的連續式服務機制。非方法包括：心理、沙盤、藝術、音樂、生物反饋、物理、認知功能訓練、社交技能訓練、壓力與情緒管理等。

北京兒童醫院擁有教育部兒科學國家重點學科和教學團隊，是首都醫科大學兒科醫學院和兒科學系所在地，現有教授、副教授116人，承擔著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業，護理大專及繼續醫學教育等多層次教學任務，并設有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

北京兒童醫院積極發揮學科龍 頭作用，領航兒科行業發展。2013年牽頭組建北京兒童醫院集團，創新“病人不動、醫生移動”的模式服務全國患兒，目前理事單位成員已達57家。醫院與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡等國家的兒童醫療機構和科研院所建立了良好的關系和廣泛的合作，是科技部認定的兒童重大疾病國際科技合作基地。

多年來，為方便患者就醫，北京兒童醫院始終堅持24小時接診。醫院積極踐行公立醫院改革，推進預約掛號工作，優化服務流程，改善患者就醫體驗，受到國家衛生健康委的肯定和廣大群眾的認可。醫院還承擔了上級部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災支援、突發公共衛生事件救治等醫療任務。