北京空 軍總醫院主要承擔空 軍飛行人員航空病、常見病診療防治研究及醫學鑒定任務;承擔預備航天員的體檢選拔任務;承擔空 軍部隊及聯勤部隊官兵的健康保障和疾病救治;還面向人民群眾提供優質醫療服務。已發展成為一所集醫療、教學、科研和預防保健為一體的大型現代化綜合性三級甲等醫院。
北京空 軍總醫院學科設置齊全,擁有50多個臨床、醫技科室,擁有皮膚科、中西醫結合正骨科、中醫科3個國家中醫藥管理局重點學科和專科、專病中心,1個全軍皮膚病研究所,8個全軍醫學專科、專病中心,1個國家臨床試驗機構及全軍臨床藥理基地,設有飛行學員醫學選拔中心及一批特色學科。
北京空 軍總醫院共編設50多個臨床、醫技科室,展開床位1500多張,年門診量200多萬人次,收治量約4萬人次,手術1.8萬臺次。有空 軍級專家3人,空 軍高層次科技人才75人。擁有PET-CT、640排CT、高低場核磁、2微米激光腔鏡治 療系統等高 端科研醫療設備。
北京空 軍總醫院現有3個國家中醫藥管理局重點學科(皮膚病重點學科、脊柱軟傷專科和代謝病重點專科)、3個軍隊臨床重點專科(口腔、皮膚、航空臨床醫學)、8個全 軍醫學專科(專病)中心(臨床航空醫學、中西醫結合正骨、半匹配骨髓移植、腫瘤放療、小腸疾病內鏡診治、泌尿微創診療、優生優育技術指導、心理技術指導中心)、18個專業實驗室,主要面向全軍承擔特殊職業病研究、預防、診治和應急支援保障任務,承擔招收飛行學員體檢和飛行人員航空醫學鑒定、訓練任務及上級賦予的其他任務。

