主要的方法與服務模式為：、心理、行為、康復訓練、健全人格培養為核心的綜合模式和預防-早期診斷--康復為一體的連續式服務機制。非方法包括：心理、沙盤、藝術、音樂、生物反饋、物理、認知功能訓練、社交技能訓練、壓力與情緒管理等。

北京兒童醫院精神科目前已開設如下專業細分門診：注意缺陷多動門診、孤獨多動抽動門診、學習困難門診、心理咨詢門診、青春期心理咨詢門診、精神病專病門診、精神殘疾評估門診、腦功能及行為發育門診、腦認知功能評估門診、心身會診聯絡門診等。

北京兒童醫院以病人為中心，全心全意為兒童服務，大力弘揚“公慈勤和”院訓精神，涌現出全國道德模范、全國共產黨員賈立群同志等杰出代表。醫院堅持公益，始終“關注兒童、關注健康”，成立“北京兒童健康基金會”，扶助困難家庭患兒就醫;組織醫療骨干參加援疆援藏任務、“人才京郊行”、大型義診活動，為偏遠地區和基層單位的兒童送醫、送藥、送健康;開展免費救治西藏先心病、唇腭裂患兒活動，舉辦血友病、糖尿病、白血病兒童夏令營，讓患兒感受到社會的溫暖。

北京兒童醫院精神科一直堅持心理健康應該從娃娃抓起。在兒童心理健康領域做了大量探索的工作，其中以腦與認知神經科學為主。先后承擔和參與了一系列重大的兒童神經發育領域的科研項目。