1996年，茅臺酒工藝被確定為國家機密加以保護。2001年，茅臺酒傳統工藝列入首批物質文化遺產。2006年，批準將“茅臺酒傳統釀造工藝”列入首批非物質文化遺產名錄，并申報世界非物質文化遺產。2001年3月29日，茅臺酒被批準為“原產地域保護產品”。2013年3月28日，原國家質檢總局批準調整“茅臺酒”地理標志產品保護名稱和保護范圍。

茅臺酒的酒窖建設也頗有講究。從窖址選地、窖區走向、空間高度，到窖內溫濕度控制、透氣性能，以及酒甕的形式、容量、甕口泥封的技術等，都極為嚴格。這些都是關系到成品酒的再熟化、香氣純度再提高的關鍵。酒窖里每天要有人檢查，開關透氣孔，控制溫濕度。

茅臺酒生產所用高粱為糯性高粱，當地俗稱紅纓子高粱。此高粱與東北及其它地區高粱不同的是，顆粒堅實、飽滿、均勻，粒小皮厚，支鏈淀粉含量達88%以上，其截面呈玻璃質地狀，十分有利于茅臺酒工藝的多輪次翻烤，使茅臺酒每一輪的營養消耗有一合理范圍。茅臺酒用高粱皮厚，并富含2%－2.5%的單寧，通過茅臺工藝發酵使其在發酵過程中形成兒茶酸、香草醛、阿魏酸等茅臺酒香味的前體物質，后形成茅臺酒特殊的芳香化合物和多酚類物質等。這些有機物的形成與茅臺酒高粱及地域微生物群系密切相關，也是茅臺酒幽雅細膩、酒體豐滿醇厚、回味悠長的重要因素，特別值得一提的是茅臺酒富含一定的多酚類物質，適量飲用，不傷肝。

1997年，茅臺推出款紀念酒——「香港回歸1997」，至今正好25周年。紀念酒的開發為今天茅臺的火熱埋下了伏筆，開啟了茅臺收藏新時代。

2014年，白酒行業進入低谷。為了填補營收，茅臺成立定制營銷公司，開展個人、團體、企業等個性化定制業務。茅臺生產過上千款產品，定制酒占據了大半壁江山。不過多數定制酒產量少、知名度不高，基本不流通；只有少數設計精美的定制紀念酒流入市場，深受藏家歡迎。

2019年，茅臺酒市場價一路高漲，飛天一瓶難求。為保證飛天的供應量，官方取消了定制酒業務，砍掉了大部分非常規產品，紀念酒的開發也越來越謹慎。