1996年，茅臺酒工藝被確定為國家機密加以保護。2001年，茅臺酒傳統工藝列入首批物質文化遺產。2006年，批準將“茅臺酒傳統釀造工藝”列入首批非物質文化遺產名錄，并申報世界非物質文化遺產。2001年3月29日，茅臺酒被批準為“原產地域保護產品”。2013年3月28日，原國家質檢總局批準調整“茅臺酒”地理標志產品保護名稱和保護范圍。

茅臺酒的酒窖建設也頗有講究。從窖址選地、窖區走向、空間高度，到窖內溫濕度控制、透氣性能，以及酒甕的形式、容量、甕口泥封的技術等，都極為嚴格。這些都是關系到成品酒的再熟化、香氣純度再提高的關鍵。酒窖里每天要有人檢查，開關透氣孔，控制溫濕度。

茅臺酒工藝中的三高是指茅臺酒生產工藝的高溫制曲、高溫堆積發酵、高溫餾酒。茅臺酒大曲在發酵過程中溫度高達63℃，比其它任何名白酒的制曲發酵溫度都高10－15℃；在整個大曲發酵過程中可優選環境微生物種類，后形成以耐高溫產香的微生物體系，在制曲過程中首先做到了趨利避害之功效。高溫堆積發酵是中國白酒生產敞開式發酵為經典和獨創之作，也是其它名白酒工藝所不具有的。高溫餾酒：蒸餾工藝本身是固液分離的技術，但茅臺酒生產工藝的蒸餾與其它白酒完全不同。

釀制茅臺酒的用水主要是赤水河的水，赤水河水質好，用這種入口微甜、無溶解雜質的水經過蒸餾釀出的酒特別甘美。故清代詩人曾有“集靈泉于一身，匯秀水東下”的詠句贊美赤水河。茅臺鎮還具有極特殊的自然環境和氣候條件。它位于貴州高原點的盆地，海拔僅440米，遠離高原氣流，終日云霧密集。夏日持續35—39℃的高溫期長達5個月，一年有大半時間籠罩在悶熱、潮濕的雨霧之中。這種特殊氣候、水質、土壤條件，對于酒料的發酵、熟化非常有利，同時也部分地對茅臺酒中香氣成分的微生物產生、精化、增減起了決定性的作用?？梢哉f，如果離開這里的特殊氣候條件，酒中的有些香氣成分就根本無法產生，酒的味道也就欠缺了。