1996年，茅臺酒工藝被確定為國家機密加以保護。2001年，茅臺酒傳統工藝列入首批物質文化遺產。2006年，批準將“茅臺酒傳統釀造工藝”列入首批非物質文化遺產名錄，并申報世界非物質文化遺產。2001年3月29日，茅臺酒被批準為“原產地域保護產品”。2013年3月28日，原國家質檢總局批準調整“茅臺酒”地理標志產品保護名稱和保護范圍。

茅臺酒的酒窖建設也頗有講究。從窖址選地、窖區走向、空間高度，到窖內溫濕度控制、透氣性能，以及酒甕的形式、容量、甕口泥封的技術等，都極為嚴格。這些都是關系到成品酒的再熟化、香氣純度再提高的關鍵。酒窖里每天要有人檢查，開關透氣孔，控制溫濕度。

在此期間，要經歷重陽下沙、端午踩曲、長期貯存等工藝環節的淬煉，制酒生產一年一個生產周期，順應季節變換，歷經兩次投料、九次蒸煮、八次發酵、七次取酒；釀制而成的基酒還需在陶壇中經過三年以上的貯存，后，采用酒勾酒的方式將一百余種不同酒齡、不同香型、不同輪次、不同酒度等各有特色的基酒進行組合，形成了茅臺酒的典型風格。

1997年，茅臺推出款紀念酒——「香港回歸1997」，至今正好25周年。紀念酒的開發為今天茅臺的火熱埋下了伏筆，開啟了茅臺收藏新時代。

2014年，白酒行業進入低谷。為了填補營收，茅臺成立定制營銷公司，開展個人、團體、企業等個性化定制業務。茅臺生產過上千款產品，定制酒占據了大半壁江山。不過多數定制酒產量少、知名度不高，基本不流通；只有少數設計精美的定制紀念酒流入市場，深受藏家歡迎。

2019年，茅臺酒市場價一路高漲，飛天一瓶難求。為保證飛天的供應量，官方取消了定制酒業務，砍掉了大部分非常規產品，紀念酒的開發也越來越謹慎。