1996年，茅臺酒工藝被確定為國家機密加以保護。2001年，茅臺酒傳統工藝列入首批物質文化遺產。2006年，批準將“茅臺酒傳統釀造工藝”列入首批非物質文化遺產名錄，并申報世界非物質文化遺產。2001年3月29日，茅臺酒被批準為“原產地域保護產品”。2013年3月28日，原國家質檢總局批準調整“茅臺酒”地理標志產品保護名稱和保護范圍。

茅臺酒的酒窖建設也頗有講究。從窖址選地、窖區走向、空間高度，到窖內溫濕度控制、透氣性能，以及酒甕的形式、容量、甕口泥封的技術等，都極為嚴格。這些都是關系到成品酒的再熟化、香氣純度再提高的關鍵。酒窖里每天要有人檢查，開關透氣孔，控制溫濕度。

茅臺酒以本地優質糯高梁為原料，用小麥制成高溫曲，而用曲量多于原料。用曲多，發酵期長，多次發酵，多次取酒等獨特工藝，這是茅臺酒風格獨特、品質優異的重要原因。釀制茅臺酒要經過兩次下料、九次蒸煮、八次攤晾加曲（發酵七次）、七次取酒，生產周期長達一年，再陳貯三年以上，勾兌調配，然后再貯存一年，使酒質更加和諧醇香，綿軟柔和，方準裝瓶出廠，全部生產過程近五年之久。

茅臺酒工藝中的三高是指茅臺酒生產工藝的高溫制曲、高溫堆積發酵、高溫餾酒。茅臺酒大曲在發酵過程中溫度高達63℃，比其它任何名白酒的制曲發酵溫度都高10－15℃；在整個大曲發酵過程中可優選環境微生物種類，后形成以耐高溫產香的微生物體系，在制曲過程中首先做到了趨利避害之功效。高溫堆積發酵是中國白酒生產敞開式發酵為經典和獨創之作，也是其它名白酒工藝所不具有的。高溫餾酒：蒸餾工藝本身是固液分離的技術，但茅臺酒生產工藝的蒸餾與其它白酒完全不同。