醫院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態反應科、心內科、心外科、神經內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛生部批準的國家臨床重點專科，變態反應科為國家衛生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫眼科學為國家中醫藥管理局批準的中醫重點學科。

北京同仁醫院眼底專科現有在職主任醫師11人，副主任醫師14人，是國內規模大、綜合實力強的眼底病團隊。團隊骨干擁有各自明確的臨床專長和相關研究方向，在視網膜脫離、糖尿病視網膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見及疑難復雜眼底病的臨床領域處于國際前沿。

在科研方面，近年來，在原發性閉角型青光眼和原發性開角型青光眼發病機制和早期診斷方面做出重大成績，其科研成果連續獲得2013年和2014年國家科技進步二等獎兩項，2012年中華醫學獎一等獎一項，北京科技進步二等獎一項。同時多人多項目承擔國家和北京市重點科研項目。

角膜塑形鏡門診現設立在北京同仁醫院崇文門院區東區一樓視光中心門診，隸屬眼科醫學視光中心，現有醫生6人，均為副高以上職稱，專業擅長為眼視光醫學及角膜病學，在復雜角膜屈光問題，近視眼防控，角膜塑形鏡驗配，硬性角膜接觸鏡(RGP)驗配等領域具有豐富的臨床經驗。

服務人群：18-55歲的近視、散光、遠視等屈光不正，希望通過手術矯正獲得更好視覺體驗的患者。