同仁醫院現有中國工程院院士1名，北京學者3名，長江學者1名，享受政府特殊津貼專家11名，獲、北京市突出貢獻專家12名。作為首都醫科大學第四臨床醫學院，醫院承擔著重要的教學任務。醫院現有學位點28個，其中博士學位點13個。碩士生導師114人，博士生導師41人。擁有15個北京市住院醫師培訓基地。

改革開放以來，醫院共獲得省部級以上科技成果獎勵138項，其中8項，獲得國家自然科學基金資助項目253項。

醫院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態反應科、心內科、心外科、神經內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛生部批準的國家臨床重點專科，變態反應科為國家衛生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫眼科學為國家中醫藥管理局批準的中醫重點學科。

在臨床相關研究方面，眼底專科開展了增生性玻璃體視網膜病變發病機制的研究，視網膜下人工假體植入技術及組織相容性研究，高度近視眼致病基因定位及蛋白質組學分析，黃斑營養不良的致病基因定位研究，年齡相關性黃斑變性發病危險因素和早期干預研究，以及眼病的流行病學研究等。持續不斷的獲得了多項及省部級課題經費的支持。發表了系列高質量研究論文，形成了同仁品牌效應和國際影響力。北京同仁醫院眼底專科堅持以臨床服務為根本，以科研創新為導向，醫療、教學、科研、預防發展的目標，推動了創新型的科學研究工作的持續開展和學科臨床服務水平的不斷提高。

近年來眼外傷專科在國內率先開展各種眼外傷、眼底病的診治新技術，包括顯微眼內窺鏡下的視網膜脫離復位、眼內異物取出以及眼內窺鏡睫狀突光凝難治性青光眼等，為眼外傷患者提供了新的途徑;包括23G、25G微創玻璃體視網膜手術，在“微創意識”引領下積極開展微創玻璃體視網膜手術，以小侵襲或損傷達到佳手術療效。另外開展虹膜瞳孔損傷修復、帶虹膜人工晶狀體植入、鞏膜層間人工晶狀體固定、人工角膜鏡下玻璃體手術聯合角膜移植、各類兒童玻璃體視網膜病變的微創玻璃體手術、兒童復雜眼外傷的微創玻璃體手術、抗VEGF外傷性新生血管疾病等。