北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫院主體并稱“一院三所”，成為集醫療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫療科研聯合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準的國家臨床重點學科，變態反應(鼻過敏)科為原國家衛生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫眼科學為國家中醫藥管理局批準的中醫重點學科。首都醫科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設在院內。醫院設有世界衛生組織防盲合作中心和世界衛生組織防聾合作中心，附設北京同仁眼庫(國際眼庫協會會員)。

醫院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態反應科、心內科、心外科、神經內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛生部批準的國家臨床重點專科，變態反應科為國家衛生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫眼科學為國家中醫藥管理局批準的中醫重點學科。

青光眼科的臨床診療技術長期居于國內水平，接近國際水平，這是我們多年來的特色，也是在學術界常年保持水平的重要基礎。以惡性青光眼的診斷和為代表，在難治性青光眼的診斷和方面，始終處于國內水平，這方面的研究成果先后獲得北京市科技進步二等獎和三等獎;在許多青光眼診斷技術的應用方面，青光眼科都走在國內同行的前列，比如應用二極管激光睫狀體光凝技術各種難治性青光眼，應用激光小粱成型術早期開角型青光眼和殘余性青光眼，青光眼白內障的聯合手術，非穿通小粱切除手術，引流植入物手術、粘小管成型術、小梁消融術、全周小梁切開術先天性青光眼等。

青光眼科有博士研究生導師一人，碩士研究生導師兩人;有正高級職稱人員5人，副高級職稱人員人9人;青光眼科常年承擔首都醫科大學及首都醫科大學國際學院本科生、研究生、國際學生的臨床授課任務;青光眼科每日的平均門診病人量200-300人次，科室開放床數52張，年手術量超過3000臺，青光眼科住院部的床位使用率常年超過，術前平均住院日低于4天，各項醫療指標位居全國前列。其中2/3的患者來自外地，每年培養研究生和進修醫生近百名。