1886年，清光緒十二年，美國基督教“衛理公會”的蘭大夫、衛大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫院”的眼科診所。

1899年，“衛理公會”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會在北京東交民巷東口(現北京同仁醫院地址)使館區內選定并購妥院址，開始籌備興建工程。

1913年，醫院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養院”，專門結核病。

1914年，醫院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫院的病房設在西樓，分為三層，有眼科、內科和外科病房，眼科約占1/2。

1917年，醫院北樓落成，賀慶院長得到了中華博醫學會的資助，聘請美國醫生潘提司先生來院工作，設立牙科。1918年與協和醫院合辦牙科專門醫學校。

1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會醫院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫院英文名稱再次更改為“賀氏紀念醫院”。

1942年，日偽北京特別市公署衛生局接收同仁醫院全部資產，日偽北京市衛生局將同仁醫院改為“市立第二醫院”，賀慶院長被迫離職。

1945年5月，醫院又由日本“開發醫療組合”接管，改名為“開發醫院”。

1945年11月14日，衛理公會會督江長川、美國代表白輔德致函北平衛生局，要求將醫院收回管理。次年1月，衛理公會收回了醫院，恢復使用同仁醫院的名稱。

1949年4月，在中共北京市委及市總工會的領導下，醫院建立了工會。同年11月，建立了新民主主義青年團。

1952年7月，醫院與北京市婦嬰醫院合并，更名為“北京市同仁醫院”，增設了婦產科、小兒科。

1953年8月，北京市人民政府正式接管醫院，更名為“北京市立同仁醫院”。

1955年，醫院更名為“北京市同仁醫院”。

1958年10月，北京市政府決定將同仁醫院的神經外科全部遷到以神經外科為中心的宣武醫院。

1959年，眼科研究所成立，設有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長。

1966年，文化大革命開始后醫院更名為“北京市工農兵醫院”。

1979年，醫院復名“北京市同仁醫院”。

1994年，更名為“首都醫科大學附屬北京同仁醫院”。

在青光眼診斷技術和方法方面，我們擁有許多先進設備：3D頻域OCT、海德堡視網膜斷層掃描儀(HRT)、GDx視網膜神經纖維厚度測量儀、自動視野計、多焦VEP、眼底立體照相、全景超聲生物顯微鏡(UBM)、前節OCT、鞏膜上靜脈壓測量儀、回彈式眼壓計、超聲角膜測厚儀、YAG激光機、SLT激光機等各類青光眼診療設備二十余臺，先進程度與國際醫院保持同步。可對青光眼相關各項生理指標進行客觀、定量的測量。自2009年設立了24小時眼壓監測室，能夠對青光眼患者眼壓變化做出更加準確、的評價。

北京同仁醫院眼外傷專科成立于1968年，是國內早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷專科。北京同仁眼外傷專科技術力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內的近20名副主任醫師以上職稱的高級專業人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術量達5000人次以上。

北京同仁醫院眼外傷專科是一支歷史悠久、人才梯隊完整、集醫教研防一體、臨床特色鮮明的學科。眼外傷團隊是一個充滿朝氣、認真負責、團結向上、精誠合作、注重傳承與發展的隊伍!全科同仁以挑戰疑難眼病、救治瀕危眼球為己任，業務上精益求精，科研上勇于探索，繼續努力不懈地為國內外患者提供高質量的服務，以不斷創新的進取精神為各類眼外傷患者送去光明和希望。