主要是恢復操作系統、文件系統層的數據。這種丟失主要是軟件邏輯故障、病毒木馬、誤操作等造成的數據丟失，物理介質沒有發生實質性的損壞，一般來說這種情況下是可以修復的，一些專用的數據恢復軟件都具備這種能力，如winhex，rstudio等。在所有的軟損壞中，系統服務區出錯屬于比較復雜的，因為即使同一廠家生產的同一型號硬盤，系統服務區也不一定相同，而且廠家一般不會公布自己產品的系統服務區內容和讀取的指令代碼。

覆蓋恢復：

恢復難度非常大，一般民用環境下因為需要投入的資源太大，往往得不償失。但是在的國防軍事等國家統籌或者個別掌握科技的硬盤廠商能做到，具體技術都涉及核心機密，無法探知。

硬件故障

由于操作不當、意外掉電、使用時間過長等原因引起的磁盤失效、電源不穩等問題，而造成的數據丟失或無法恢復。

自然因素損壞

由于潮濕、風沙、雷電及意外事故（如電磁干擾、地震）等，也有可能導致數據丟失，當然，這一因素的可能性相對較小。

另外一個成本相對較低的解決方法就是在你的電腦上安裝第二個硬盤，當操作系統被破壞時，第二個硬盤驅動器不會受到任何影響，如果你還需要購買一臺新電腦時，這個硬盤還可以被安裝在新電腦上，而且這種硬盤安裝非常簡便。如果你對安裝第二個驅動盤的方法不很認可，另一個很好的選擇就是購買一個外接式硬盤，外接式硬盤操作更加簡便，可以在任何時候用于任何電腦，而只需要將它插入USB端口或者firewire端口。