機架式
機架式服務器的外形看來不像計算機，而像交換機，有1U（1U=1.75英寸=4.445CM）、2U、4U等規格。機架式服務器安裝在標準的19英寸機柜里面。這種結構的多為功能型服務器。
對于信息服務企業（如ISP/ICP/ISV/IDC）而言，選擇服務器時首先要考慮服務器的體積、功耗、發熱量等物理參數，因為信息服務企業通常使用大型專用機房統一部署和管理大量的服務器資源，機房通常設有嚴密的保安措施、良好的冷卻系統、多重備份的供電系統，其機房的造價相當昂貴。如何在有限的空間內部署更多的服務器直接關系到企業的服務成本，通常選用機械尺寸符合19英寸工業標準的機架式服務器。機架式服務器也有多種規格，例如1U（4.45cm高）、2U、4U、6U、8U等。通常1U的機架式服務器節省空間，但性能和可擴展性較差，適合一些業務相對固定的使用領域。4U以上的產品性能較高，可擴展性好，一般支持4個以上的高性能處理器和大量的標準熱插拔部件。管理也十分方便，廠商通常提供以相應的管理和監控工具，適合大訪問量的關鍵應用，但體積較大，空間利用率不高。
機柜式
在一些企業服務器中由于內部結構復雜，內部設備較多，有的還具有許多不同的設備單元或幾個服務器都放在一個機柜中，這種服務器就是機柜式服務器。機柜式通常由機架式、刀片式服務器再加上其它設備組合而成。
對于證券、銀行、郵電等重要企業，則應采用具有完備的故障自修復能力的系統，關鍵部件應采用冗余措施，對于關鍵業務使用的服務器也可以采用雙機熱備份高可用系統或者是高性能計算機，這樣的系統可用性就可以得到很好的保證。
服務器所處運行環境不佳
對于計算機網絡服務器來說，運行的環境是非常重要的。其中所指的環境主要包括運行溫度和空氣濕度兩個方面。網絡服務器與電力的關系是非常緊密的，電力是保證其正常運行的能源支撐基礎，電力設備對于運行環境的溫度和濕度要求通常來說是比較嚴格的，在溫度較高的情況下，網絡服務器與其電源的整體溫度也會不斷升高，如果超出溫度耐受臨界值，設備會受到不同程度的損壞，嚴重者甚至會引發火災。如果環境中的濕度過高，網絡服務器中會集結大量水汽，很容易引發漏電事故，嚴重威脅使用人員的人身。
服務器系統漏洞過多
計算機網絡本身具有開放自由的特性，這種屬性既存在技術性優勢，在某種程度上也會對計算機系統的造成威脅。一旦系統中出現很難修復的程序漏洞，某些不法人員很可能借助漏洞對緩沖區進行信息查找，然后攻擊計算機系統，這樣一來，不但用戶信息面臨泄露的風險，計算機運行系統也會遭到損壞。
