經過內審和管理評審，組織如果確認其環境管理體系基本符合ISO14001標準要求，對組織適用性較好，且運行充分、有效，可向已獲得中國環境管理體系認證機構認可委員會認可有認證資格的認證機構提出認證申請并簽定認證合同，進入ISO14001環境管理體系認證審核階段。
認證審核是認證機構受組織委托，以第三方身份對組織的環境管理體系與ISO14001環境管理體系標準的符合性和運行、保持的有效性進行審核驗證，并確定是否向組織發放認證證書的過程。
a.組織應向認證機構提供環境管理體系運行的充分信息，對于多現場應說明各現場的認證范圍、地址及人員分布等情況，認證機構將以抽樣的方式對多現場進行審核；
b.ISO14001認證咨詢是一項收集客觀證據的符合性驗證活動，為使審核順利進行，組織應為認證機構開展認證審核、跟蹤審核、監督審核、復審換證以及解決投訴等活動做出必要的安排，包括文件審核、現場審核、調閱相關記錄和訪問人員等各個方面；
c.組織應建立符合ISO14001準要求的文件化環境管理體系，在申請認證之前應完成內部審核和管理評審，并保證環境管理體系的有效、充分運行三個月以上；
d.當組織的環境管理體系出現變化，或出現影響環境管理體系符合性的重大變動時，應及時通知認證機構；認證機構將視情況進行監督審核、換證審核或復審以保持證書的有效性；
ISO 14000系列標準歸根結底是一套管理性質的標準。它是工業發達國家環境管理經驗的結晶，在制定國家標準時又考慮了不同國家的情況，盡量使標準能普遍適用。
·ISO 14001標準對企業的積極影響主要體現在以下幾個方面：
·樹立企業形象，提高企業的知名度
·促使企業自覺遵守環境法律、法規
·促使企業在其生產、經營、服務及其他活動中考慮其對環境的影響，減少環境負荷
環境管理體系運行模式環境管理體系圍繞環境方針的要求展開環境管理、管理的內容包括制定環境方針、實施并實現環境方針所要求的相關內容、對環境方針的實施情況與實現程度進行評審、并予以保持等。環境管理所涉及的管理要素包括組織結構、計劃活動、職責、慣例、程序、過程和資源等，這些管理要素與企業生產管理、人事管理、財務管理是類似，沒有本質區別，ISO 14001標準將它們系統化、結構化，提出環境管理模式。
這一環境管理體系模式遵循了傳統的PDCA管理模式：規劃（PLAN）、實施（DO）、檢查（CHECK）和改進（ACTION），即規劃出管理活動要達到的目的和遵循的原則；在實施階段實現目標并在實施過程中體現以上工作原則；檢查和發現問題，及時采取糾正措施，以保證實施與實現過程不會偏離原有目標與原則，實現過程與結果的改進提高。
